Desde el 2015 el INBA custodia simbólicamente el acervo del Instituto de Artes Gráficas de Oaxaca y de una colección de arte, de aproximadamente 125 mil objetos, que Francisco Toledo intercambió por un peso mexicano. De esta imponente selección de piezas artísticas han surgido exposiciones, materiales y reflexiones que han ayudado a consolidar a Oaxaca como un espacio de fuerte preeminencia cultural. Francisco Toledo siempre tuvo el deseo de incentivar el cuidado y el desarrollo de las lenguas indígenas y creó los Premios Casa en Lenguas Autonómicas, cuya labor es la de exaltar los diversos idiomas que se hablan en Oaxaca y dar espacio a escritores emergentes. Después de muchos años presentó la que podría considerarse su retrospectiva pictórica más importante: Yo mismo (IAGO, 2017), que reúne una serie numerosa de autorretratos en óleo y técnicas diversas. En esta exposición da cuenta de una exploración radical que hizo de sí mismo, sin dejar de lado el diálogo con la rica tradición pictórica de Occidente. Ese mismo año Fomento Cultural Banamex concluyó la publicación de un amplio catálogo razonado que contiene la labor de cinco décadas de trabajo. Dicho corpus editorial tomó en cuenta las más de 9000 obras que Toledo realizó, además de la opinión y la reflexión de más de una docena de escritores y críticos de arte. Durante años Francisco Toledo utilizó su beca como Creador Emérito para becar a su vez a niños y jóvenes con escasos recursos, para comprar libros para diferentes espacios culturales y ayudar con diferentes proyectos filantrópicos. Años después renunció a dicha beca como una manera de pedir al INBA que los recursos se redistribuyeran en beneficio de creadores oaxaqueños, sin embargo, el pintor nunca dejó de apoyar a sus becarios, entre ellos jóvenes de la Escuela Normal Bilingüe Intercultural de Oaxaca. En 2018 se presentó Toledo ve, que da cuenta de su trabajo en el campo diseño, desplegando decenas de objetos y elementos utilitarios y decorativos realizados en conjunto con el departamento de producción artística del CASA. La exposición pudo verse en el año 2021 en la Casa de México en España. Francisco Toledo fue siempre un creador aparte, alguien que creó su propio camino. Diversas tradiciones convergen en su obra, que puede describirse como el despliegue de saberes originarios en un contexto contemporáneo, o como la actualización constante de elementos primordiales en una obra de fuerte acento intelectual. Por sus temas y preocupaciones, su trabajo es heredero de una muy amplia historia del arte mexicano y puede rastrearse a partir del periodo precolombino. Cabe señalar que fue un lector excepcional y conocía ampliamente el arte universal. Escribió André Pieyre de Mandiargues en torno a Francisco Toledo: “No conozco a ningún otro artista moderno tan imbuido de manera natural por una concepción sagrada del universo y por un sentido sacro de la vida, que se haya acercado al mito y a la magia con tanta seriedad y sencillez y que esté inspirado con tanta pureza por el ritual y la fábula”. La conjunción de vida y obra del oaxaqueño destaca como pocas tanto en nuestro país como a nivel internacional, pues permanece fuertemente comprometida con los problemas de nuestro tiempo sin alejarse de sus preocupaciones personales. A la vez que se le vincula con creadores como José Guadalupe Posada, Rufino Tamayo o Rodolfo Nieto, algunos estudiosos han sugerido que la obra de Toledo es heredera y continuadora de la de James Ensor, Paul Klee o Jean Dubuffet, y muchos otros creadores. Francisco Toledo falleció el 5 de septiembre de 2019.

En los años 70 empezó a indagar en ciertas técnicas artesanales —como el textil y la cerámica— que influirían en su creación artística posterior. Sus preocupaciones sociales le llevaron a colaborar en la fundación de la Casa de la Cultura de Juchitán (1972). A partir de ese momento, Toledo se convertiría en un promotor de la cultura, fomentando el desarrollo y la fundación de diversos espacios, así como la creación de editoriales que difundirían no sólo la literatura universal sino el idioma zapoteco: Ediciones Toledo, Editorial Cálamus y la revista Guchachi’ Reza (Iguana rajada). En 1988, a su regreso de una estancia creativa en Nueva York, Francisco Toledo fundó el Instituto de Artes Gráficas de Oaxaca, espacio que se consolidó como una biblioteca especializada en arte y diversas salas de exposición, cuyo acervo actualmente es de más de 60 mil volúmenes repartidos en dos sedes. En 1993 fundó la asociación civil PRO-OAX (que tiene como fin la defensa del patrimonio cultural e histórico de la Ciudad de Oaxaca), organismo que ha colaborado en la formación de espacios como la Biblioteca fray Francisco de Burgoa y el Jardín Etnobotánico, además de sumarse a causas como la defensa de los idiomas autonómicos o la lucha contra los transgénicos. A iniciativa del artista se fundaron el Cineclub El Pochote (1992), el Centro Fotográfico Manuel Álvarez Bravo y la Biblioteca Jorge Luis Borges para invidentes (1996), la Fonoteca Eduardo Mata (1996), el Taller Arte Papel Oaxaca (1998) y el Centro de las Artes de San Agustín Etla (2006). Cabe destacar que estos centros culturales han transformado el modo en que las personas se acercan a la cultura, al establecer una relación íntima con los usuarios, una actualización permanente de sus acervos y una interacción constante con la comunidad artística nacional e internacional.
Francisco Toledo ha tenido diversas exposiciones retrospectivas, por ejemplo, en el Museo de Arte Moderno, en la Ciudad de México (1980), en la White Chapel Gallery, en Londres, y en el Museo Reina Sofía, en Madrid (2000), además de haber presentado su trabajo en la Tate Gallery de Londres y en Latin American Masters, en Los Ángeles, entre otros espacios internacionales. Diversos críticos de arte y escritores, como Henry Miller, Dawn Adès, Catherine Lampbert, Francisco Calvo Serraller, Luis Cardoza y Aragón, Teresa del Conde y Raquel Tibol, entre otros, han destacado el polifacético trabajo del artista mexicano, haciendo evidente el lugar que su obra ocupa en la historia del arte contemporáneo. No han sido pocos los reconocimientos obtenidos por el artista en las últimas décadas, como el Premio Nacional de Ciencias y Artes (1998) o el doctorado honoris causa por la UABJO (2007); el premio Príncipe Klaus (2000) y el premio Right Livelihood Honorario (2005) en Suecia “por su compromiso y su arte en favor de la protección, el desarrollo y la renovación de la herencia arquitectónica y cultural, el medio ambiente y la vida comunitaria de su Oaxaca nativa”. A finales del 2014 presentó una serie de piezas escultóricas, entre ellas urnas funerarias, como memoria de lo sucedido a los 43 estudiantes de Ayotzinapa: Duelo (Museo de Arte Moderno). Dicha exposición conjunta su visión crítica del mundo actual y una reflexión estética acerca la sociedad mexicana.